Start of Monte Carlo (static epitope calculation), copy WF code.

Don't fflush population-writing each time.

Print generation number on each line. (Need to update unit tests.)

Test all one- and two-epitope cases of WT/mut site combinations.

More comprehensive test framework.

Correctly parse multiple epitopes per file (using C++ streams), regardless of WT/mut.

Unit test for multiple-epitope input file.

Multiple epitopes; one per line in .ep file. All have same penalty for now.

Use '|' as epitope mut/WT field list separator (on single line).

Update unit tests for separate .st and .ep files.

Read population state and epitopes from separate files.

Extra output and tests for debugging.

Start framework for targeting multiple epitopes.

Basic unit testing framework.

Check for file-opening / existence errors (vs segfault). write_mod for general Hamiltonian. --help flag.

Add write_mod option to write population at regular time intervals (two-site/two-allele only).

Locate segfault for small N (population size = 0). Seed as additional run parameter. Concatenate source files?

Special two-site + two-allele (two-locus + binary) Hamiltonian with all parameters passed as command line arguments.

More output for non-epitope runs. Assuage compiler warnings of unused parameters and signed/unsigned int comparison.

Wright-Fisher code by Tom Butler (via John Barton).

Just use the GNU Scientific Library (GSL) for RNG. (But also include my attempt at copying over the relevant bits.)

Add Mersenne Twister RNG library/header. Generalize to stream<< any std::map<T> as CSV-like string.

Print mutset_t (to stream using operator<<) as CSV-like string.

Start of Wright-Fisher dynamics using STL. Mutations stored as std::set, species counts in std::map.