projects / VirEvoDyn.git / commitdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | patch | inline | side by side (parent: c844d1c)
Extra output and tests for debugging.
authorDariusz Murakowski <murakdar@mit.edu>
Thu, 13 Feb 2014 17:14:27 +0000 (12:14 -0500)
committerDariusz Murakowski <murakdar@mit.edu>
Thu, 13 Feb 2014 17:14:27 +0000 (12:14 -0500)
Makefile patch | blob | history
population.cpp patch | blob | history
test/importState.test.expected-out patch | blob | history
test/runTests.sh patch | blob | history
test/verbose.test [new file with mode: 0755] patch | blob
test/verbose.test.expected-dat [new file with mode: 0644] patch | blob
test/verbose.test.expected-err [new file with mode: 0644] patch | blob
test/verbose.test.expected-out [new file with mode: 0644] patch | blob
test/verbose.test.expected-sum [new file with mode: 0644] patch | blob
wf.cpp patch | blob | history

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 8e208f9..63367d5 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -12,7 +12,7 @@ LIBS = -lgsl -lgslcblas -lm
 # = `gsl-config --libs`
 
 ifeq ($(dbg),1)
-       DBGFLAG = -g
+       DBGFLAG = -g -DDEBUG
 else
        DBGFLAG = -O3 -combine
 endif
diff --git a/population.cpp b/population.cpp
index 7d0c7b3..560ff56 100644 (file)
--- a/population.cpp
+++ b/population.cpp
@@ -82,7 +82,10 @@ void Population::next_generation(const Hamiltonian &H, gsl_rng* r, bool useRelat
             
             std::cout << "survival probability " << ((useRelative) ? iter->first.survival(Eavg) : iter->first.survival())
             << " number survived " << num_survive << " total number "
-            <<  iter->second << std::endl;
+            <<  iter->second ; //<< std::endl;
+            std::set<unsigned int> ms = iter->first.mutated_sites;
+            for (std::set<unsigned int>::iterator v = ms.begin(); v!=ms.end(); ++v) fprintf(stdout,"\t%d",*v);
+            fprintf(stdout,"\n");
             
         }
                
diff --git a/test/importState.test.expected-out b/test/importState.test.expected-out
index 59a0962..7312035 100644 (file)
--- a/test/importState.test.expected-out
+++ b/test/importState.test.expected-out
@@ -1 +1,4 @@
 seed = 66314
+1      30      57      60      74      78      90;
+24     25      26      27      28      29      31      32
+30
diff --git a/test/runTests.sh b/test/runTests.sh
index 9671752..b7676ed 100755 (executable)
--- a/test/runTests.sh
+++ b/test/runTests.sh
@@ -12,26 +12,31 @@ checkTest () {
 
     ./$t 2>$t.err 1>$t.out
 
-    # stop as soon as a test fails
+    # report every failure
+
+    retval=0
 
     if ! cmp -s $t.out $t.expected-out; then
-        return 1
+        echo "FAIL: $t.out"
+        retval=1
     fi
 
     if ! cmp -s $t.err $t.expected-err; then
-        return 1
+        echo "FAIL: $t.err"
+        retval=1
     fi
 
     if ! cmp -s $t.sum $t.expected-sum; then
-        return 1
+        echo "FAIL: $t.sum"
+        retval=1
     fi
 
     if ! cmp -s $t.dat $t.expected-dat; then
-        return 1
+        echo "FAIL: $t.dat"
+        retval=1
     fi
 
-    # all tests succeeded
-    return 0
+    return $retval
 }
 
 for t in *.test; do
diff --git a/test/verbose.test b/test/verbose.test
new file mode 100755 (executable)
index 0000000..b0cffba
--- /dev/null
+++ b/test/verbose.test
@@ -0,0 +1,6 @@
+#!/bin/bash
+
+WF=../wf
+
+${WF} -seed 66314 -r -v -n 100000 -g 3 -numruns 2 -i importState.test -s importState.test -o verbose.test
+
diff --git a/test/verbose.test.expected-dat b/test/verbose.test.expected-dat
new file mode 100644 (file)
index 0000000..44e2b58
--- /dev/null
+++ b/test/verbose.test.expected-dat
@@ -0,0 +1,205 @@
+1
+2      5.388530e+01    1       30      57      60      74      78      90
+4      4.846652e+01    12      30      57      60      74      78      90
+2      5.162988e+01    13      30      57      60      74      78      90
+5      5.001102e+01    14      30      57      60      74      78      90
+7      4.489658e+01    24      30      57      60      74      78      90
+10     4.480868e+01    25      30      57      60      74      78      90
+18     4.697990e+01    26      30      57      60      74      78      90
+12     4.721079e+01    27      30      57      60      74      78      90
+7      4.710177e+01    28      30      57      60      74      78      90
+17     4.303401e+01    29      30      57      60      74      78      90
+5      4.636270e+01    30      31      57      60      74      78      90
+6      4.199699e+01    30      32      57      60      74      78      90
+2      5.106816e+01    30      34      57      60      74      78      90
+7      5.100229e+01    30      35      57      60      74      78      90
+8      4.884998e+01    30      36      57      60      74      78      90
+2      5.093938e+01    30      44      57      60      74      78      90
+1      4.959263e+01    30      57      59      60      74      78      90
+2      4.992432e+01    30      57      60      62      74      78      90
+7      4.955427e+01    30      57      60      66      74      78      90
+3      5.131319e+01    30      57      60      68      74      78      90
+5      5.035831e+01    30      57      60      70      74      78      90
+5      5.103031e+01    30      57      60      71      74      78      90
+11     3.946418e+01    30      57      60      74      78
+99800  4.898003e+01    30      57      60      74      78      90
+3      4.924109e+01    30      57      60      74      78      90      91
+2      5.010340e+01    30      57      60      74      78      90      92
+11     4.293612e+01    30      57      60      74      90
+8      4.027826e+01    30      57      60      78      90
+14     4.330013e+01    30      57      74      78      90
+6      4.235476e+01    30      60      74      78      90
+8      3.101881e+01    57      60      74      78      90
+2
+6      5.009987e+01    11      30      57      60      74      78      90
+9      4.846652e+01    12      30      57      60      74      78      90
+6      5.001102e+01    14      30      57      60      74      78      90
+30     4.489658e+01    24      30      57      60      74      78      90
+31     4.480868e+01    25      30      57      60      74      78      90
+30     4.697990e+01    26      30      57      60      74      78      90
+30     4.721079e+01    27      30      57      60      74      78      90
+25     4.710177e+01    28      30      57      60      74      78      90
+48     4.303401e+01    29      30      57      60      74      78      90
+33     4.636270e+01    30      31      57      60      74      78      90
+23     4.199699e+01    30      32      57      60      74      78      90
+3      5.106816e+01    30      34      57      60      74      78      90
+4      5.100229e+01    30      35      57      60      74      78      90
+16     4.884998e+01    30      36      57      60      74      78      90
+1      5.225090e+01    30      37      57      60      74      78      90
+2      5.092417e+01    30      40      57      60      74      78      90
+2      5.102157e+01    30      56      57      60      74      78      90
+13     4.959263e+01    30      57      59      60      74      78      90
+7      4.992432e+01    30      57      60      62      74      78      90
+3      5.046417e+01    30      57      60      63      74      78      90
+9      4.955427e+01    30      57      60      66      74      78      90
+2      5.131319e+01    30      57      60      68      74      78      90
+6      5.035831e+01    30      57      60      70      74      78      90
+3      5.103031e+01    30      57      60      71      74      78      90
+3      4.949353e+01    30      57      60      74      76      78      90
+37     3.946418e+01    30      57      60      74      78
+99457  4.898003e+01    30      57      60      74      78      90
+9      4.924109e+01    30      57      60      74      78      90      91
+27     4.293612e+01    30      57      60      74      90
+31     4.027826e+01    30      57      60      78      90
+46     4.330013e+01    30      57      74      78      90
+17     4.235476e+01    30      60      74      78      90
+31     3.101881e+01    57      60      74      78      90
+3
+3      4.520192e+01    0       30      57      60      74      78
+11     5.009987e+01    11      30      57      60      74      78      90
+27     4.846652e+01    12      30      57      60      74      78      90
+1      5.001102e+01    14      30      57      60      74      78      90
+61     4.489658e+01    24      30      57      60      74      78      90
+73     4.480868e+01    25      30      57      60      74      78      90
+62     4.697990e+01    26      30      57      60      74      78      90
+75     4.721079e+01    27      30      57      60      74      78      90
+50     4.710177e+01    28      30      57      60      74      78      90
+103    4.303401e+01    29      30      57      60      74      78      90
+78     4.636270e+01    30      31      57      60      74      78      90
+58     4.199699e+01    30      32      57      60      74      78      90
+3      5.106816e+01    30      34      57      60      74      78      90
+27     4.884998e+01    30      36      57      60      74      78      90
+1      5.093938e+01    30      44      57      60      74      78      90
+16     4.959263e+01    30      57      59      60      74      78      90
+1      5.093039e+01    30      57      60      61      74      78      90
+3      4.992432e+01    30      57      60      62      74      78      90
+6      5.046417e+01    30      57      60      63      74      78      90
+1      4.955427e+01    30      57      60      66      74      78      90
+3      5.049801e+01    30      57      60      69      74      78      90
+1      5.035831e+01    30      57      60      70      74      78      90
+2      5.103031e+01    30      57      60      71      74      78      90
+14     4.949353e+01    30      57      60      74      76      78      90
+94     3.946418e+01    30      57      60      74      78
+98854  4.898003e+01    30      57      60      74      78      90
+17     4.924109e+01    30      57      60      74      78      90      91
+4      5.010340e+01    30      57      60      74      78      90      92
+69     4.293612e+01    30      57      60      74      90
+62     4.027826e+01    30      57      60      78      90
+98     4.330013e+01    30      57      74      78      90
+39     4.235476e+01    30      60      74      78      90
+83     3.101881e+01    57      60      74      78      90
+1
+2      5.326373e+01    3       30      57      60      74      78      90
+1      5.009987e+01    11      30      57      60      74      78      90
+6      4.846652e+01    12      30      57      60      74      78      90
+2      5.001102e+01    14      30      57      60      74      78      90
+4      5.209925e+01    18      30      57      60      74      78      90
+22     4.489658e+01    24      30      57      60      74      78      90
+8      4.480868e+01    25      30      57      60      74      78      90
+4      4.697990e+01    26      30      57      60      74      78      90
+12     4.721079e+01    27      30      57      60      74      78      90
+9      4.710177e+01    28      30      57      60      74      78      90
+4      4.303401e+01    29      30      57      60      74      78      90
+14     4.636270e+01    30      31      57      60      74      78      90
+15     4.199699e+01    30      32      57      60      74      78      90
+1      5.106816e+01    30      34      57      60      74      78      90
+2      5.100229e+01    30      35      57      60      74      78      90
+14     4.884998e+01    30      36      57      60      74      78      90
+3      4.959263e+01    30      57      59      60      74      78      90
+3      5.093039e+01    30      57      60      61      74      78      90
+16     4.992432e+01    30      57      60      62      74      78      90
+1      5.046417e+01    30      57      60      63      74      78      90
+3      5.365774e+01    30      57      60      65      74      78      90
+6      5.049801e+01    30      57      60      69      74      78      90
+4      4.949353e+01    30      57      60      74      76      78      90
+16     3.946418e+01    30      57      60      74      78
+99755  4.898003e+01    30      57      60      74      78      90
+8      4.924109e+01    30      57      60      74      78      90      91
+2      5.010340e+01    30      57      60      74      78      90      92
+1      5.331382e+01    30      57      60      74      78      90      97
+14     4.293612e+01    30      57      60      74      90
+10     4.027826e+01    30      57      60      78      90
+13     4.330013e+01    30      57      74      78      90
+16     4.235476e+01    30      60      74      78      90
+9      3.101881e+01    57      60      74      78      90
+2
+9      4.846652e+01    12      30      57      60      74      78      90
+1      5.001102e+01    14      30      57      60      74      78      90
+1      5.209925e+01    18      30      57      60      74      78      90
+57     4.489658e+01    24      30      57      60      74      78      90
+22     4.480868e+01    25      30      57      60      74      78      90
+12     4.697990e+01    26      30      57      60      74      78      90
+25     4.721079e+01    27      30      57      60      74      78      90
+25     4.710177e+01    28      30      57      60      74      78      90
+19     4.303401e+01    29      30      57      60      74      78      90
+26     4.636270e+01    30      31      57      60      74      78      90
+39     4.199699e+01    30      32      57      60      74      78      90
+12     5.100229e+01    30      35      57      60      74      78      90
+22     4.884998e+01    30      36      57      60      74      78      90
+1      5.092417e+01    30      40      57      60      74      78      90
+2      5.550344e+01    30      42      57      60      74      78      90
+6      4.959263e+01    30      57      59      60      74      78      90
+19     4.992432e+01    30      57      60      62      74      78      90
+1      5.046417e+01    30      57      60      63      74      78      90
+2      4.955427e+01    30      57      60      66      74      78      90
+4      5.131319e+01    30      57      60      68      74      78      90
+4      5.049801e+01    30      57      60      69      74      78      90
+1      5.035831e+01    30      57      60      70      74      78      90
+7      4.949353e+01    30      57      60      74      76      78      90
+45     3.946418e+01    30      57      60      74      78
+99429  4.898003e+01    30      57      60      74      78      90
+20     4.924109e+01    30      57      60      74      78      90      91
+2      5.010340e+01    30      57      60      74      78      90      92
+2      5.172090e+01    30      57      60      74      78      90      98
+37     4.293612e+01    30      57      60      74      90
+31     4.027826e+01    30      57      60      78      90
+41     4.330013e+01    30      57      74      78      90
+47     4.235476e+01    30      60      74      78      90
+29     3.101881e+01    57      60      74      78      90
+3
+4      5.009987e+01    11      30      57      60      74      78      90
+21     4.846652e+01    12      30      57      60      74      78      90
+3      5.162988e+01    13      30      57      60      74      78      90
+6      5.001102e+01    14      30      57      60      74      78      90
+6      5.209925e+01    18      30      57      60      74      78      90
+3      5.408172e+01    22      30      57      60      74      78      90
+129    4.489658e+01    24      30      57      60      74      78      90
+63     4.480868e+01    25      30      57      60      74      78      90
+30     4.697990e+01    26      30      57      60      74      78      90
+46     4.721079e+01    27      30      57      60      74      78      90
+45     4.710177e+01    28      30      57      60      74      78      90
+39     4.303401e+01    29      30      57      60      74      78      90
+54     4.636270e+01    30      31      57      60      74      78      90
+96     4.199699e+01    30      32      57      60      74      78      90
+4      5.106816e+01    30      34      57      60      74      78      90
+3      5.100229e+01    30      35      57      60      74      78      90
+22     4.884998e+01    30      36      57      60      74      78      90
+2      5.271108e+01    30      38      57      60      74      78      90
+7      5.102157e+01    30      56      57      60      74      78      90
+8      4.959263e+01    30      57      59      60      74      78      90
+2      5.093039e+01    30      57      60      61      74      78      90
+12     4.992432e+01    30      57      60      62      74      78      90
+4      5.046417e+01    30      57      60      63      74      78      90
+5      4.955427e+01    30      57      60      66      74      78      90
+6      5.035831e+01    30      57      60      70      74      78      90
+2      5.313605e+01    30      57      60      73      74      78      90
+3      4.949353e+01    30      57      60      74      76      78      90
+119    3.946418e+01    30      57      60      74      78
+2      5.301417e+01    30      57      60      74      78      87      90
+98782  4.898003e+01    30      57      60      74      78      90
+19     4.924109e+01    30      57      60      74      78      90      91
+78     4.293612e+01    30      57      60      74      90
+89     4.027826e+01    30      57      60      78      90
+90     4.330013e+01    30      57      74      78      90
+118    4.235476e+01    30      60      74      78      90
+78     3.101881e+01    57      60      74      78      90
diff --git a/test/verbose.test.expected-err b/test/verbose.test.expected-err
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e69de29
diff --git a/test/verbose.test.expected-out b/test/verbose.test.expected-out
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f6a0dcd
--- /dev/null
+++ b/test/verbose.test.expected-out
@@ -0,0 +1,627 @@
+seed = 66314
+1      30      57      60      74      78      90;
+24     25      26      27      28      29      31      32
+30
+survival probability 0.00240569 number survived 0 total number 0       0       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00735298 number survived 1 total number 1       1       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000431987 number survived 0 total number 0      2       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.013604 number survived 0 total number 0 3       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00021387 number survived 0 total number 0       4       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00655681 number survived 0 total number 0       5       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0030858 number survived 0 total number 0        6       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000125429 number survived 0 total number 0      7       30      57      60      74      78      90
+survival probability 2.26952e-05 number survived 0 total number 0      8       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0223133 number survived 0 total number 0        9       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00138295 number survived 0 total number 0       10      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.246042 number survived 0 total number 0 11      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.62563 number survived 2 total number 2  12      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0659986 number survived 1 total number 1        13      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.262894 number survived 2 total number 2 14      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000821586 number survived 0 total number 0      15      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00790567 number survived 0 total number 0       16      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00427172 number survived 0 total number 0       17      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0423213 number survived 0 total number 0        18      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0213877 number survived 0 total number 0        19      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000522266 number survived 0 total number 0      20      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00150729 number survived 0 total number 0       21      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00604968 number survived 0 total number 0       22      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00205566 number survived 0 total number 0       23      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.98343 number survived 4 total number 4  24      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.984803 number survived 4 total number 4 25      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.880811 number survived 8 total number 8 26      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.854364 number survived 5 total number 5 27      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.867411 number survived 4 total number 4 28      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.997391 number survived 7 total number 7 29      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.931969 number survived 3 total number 3 30      31      57      60      74      78      90
+survival probability 0.999073 number survived 3 total number 3 30      32      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000262957 number survived 0 total number 0      30      33      57      60      74      78      90
+survival probability 0.110256 number survived 1 total number 1 30      34      57      60      74      78      90
+survival probability 0.116885 number survived 3 total number 3 30      35      57      60      74      78      90
+survival probability 0.532468 number survived 3 total number 3 30      36      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0365843 number survived 0 total number 0        30      37      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0234068 number survived 0 total number 0        30      38      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000669027 number survived 0 total number 0      30      39      57      60      74      78      90
+survival probability 0.125194 number survived 0 total number 0 30      40      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000339756 number survived 0 total number 0      30      41      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0014665 number survived 0 total number 0        30      42      57      60      74      78      90
+survival probability 7.95165e-05 number survived 0 total number 0      30      43      57      60      74      78      90
+survival probability 0.123537 number survived 1 total number 1 30      44      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00048457 number survived 0 total number 0       30      45      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00089061 number survived 0 total number 0       30      46      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000144746 number survived 0 total number 0      30      47      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000173416 number survived 0 total number 0      30      48      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000119662 number survived 0 total number 0      30      49      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000280896 number survived 0 total number 0      30      50      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000158393 number survived 0 total number 0      30      51      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000717495 number survived 0 total number 0      30      52      57      60      74      78      90
+survival probability 6.57084e-05 number survived 0 total number 0      30      53      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000698276 number survived 0 total number 0      30      54      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000507049 number survived 0 total number 0      30      55      57      60      74      78      90
+survival probability 0.11491 number survived 0 total number 0  30      56      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00987524 number survived 0 total number 0       30      57      58      60      74      78      90
+survival probability 0.351467 number survived 1 total number 1 30      57      59      60      74      78      90
+survival probability 0.124514 number survived 0 total number 0 30      57      60      61      74      78      90
+survival probability 0.280034 number survived 1 total number 1 30      57      60      62      74      78      90
+survival probability 0.184804 number survived 0 total number 0 30      57      60      63      74      78      90
+survival probability 0.0137339 number survived 0 total number 0        30      57      60      64      74      78      90
+survival probability 0.00921458 number survived 0 total number 0       30      57      60      65      74      78      90
+survival probability 0.360261 number survived 3 total number 3 30      57      60      66      74      78      90
+survival probability 0.000154017 number survived 0 total number 0      30      57      60      67      74      78      90
+survival probability 0.088414 number survived 1 total number 1 30      57      60      68      74      78      90
+survival probability 0.17976 number survived 0 total number 0  30      57      60      69      74      78      90
+survival probability 0.201287 number survived 3 total number 3 30      57      60      70      74      78      90
+survival probability 0.114025 number survived 1 total number 1 30      57      60      71      74      78      90
+survival probability 0.000785964 number survived 0 total number 0      30      57      60      72      74      78      90
+survival probability 0.015428 number survived 0 total number 0 30      57      60      73      74      78      90
+survival probability 0.000335619 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      75      78      90
+survival probability 0.374375 number survived 0 total number 0 30      57      60      74      76      78      90
+survival probability 0.000214951 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      77      78      90
+survival probability 0.999926 number survived 5 total number 5 30      57      60      74      78
+survival probability 2.12848e-05 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      79      90
+survival probability 4.72302e-06 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      80      90
+survival probability 0.00331233 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      81      90
+survival probability 0.00995407 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      82      90
+survival probability 0.00481742 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      83      90
+survival probability 0.0076479 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      84      90
+survival probability 0.00356929 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      85      90
+survival probability 0.014103 number survived 0 total number 0 30      57      60      74      78      86      90
+survival probability 0.017393 number survived 0 total number 0 30      57      60      74      78      87      90
+survival probability 0.00299363 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      88      90
+survival probability 0.00910945 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      89      90
+survival probability 0.5 number survived 49743 total number 49743      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.435104 number survived 2 total number 2 30      57      60      74      78      90      91
+survival probability 0.245388 number survived 1 total number 1 30      57      60      74      78      90      92
+survival probability 0.00156887 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      93
+survival probability 0.000726235 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      90      94
+survival probability 0.0059066 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      95
+survival probability 0.00321525 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      96
+survival probability 0.012948 number survived 0 total number 0 30      57      60      74      78      90      97
+survival probability 0.0606046 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      98
+survival probability 0.997633 number survived 5 total number 5 30      57      60      74      90
+survival probability 0.999834 number survived 6 total number 6 30      57      60      78      90
+survival probability 0.996598 number survived 6 total number 6 30      57      74      78      90
+survival probability 0.998675 number survived 3 total number 3 30      60      74      78      90
+survival probability 1 number survived 6 total number 6        57      60      74      78      90
+checkpoint, total_deaths = 50161
+The total population size is 49839
+survival probability 0.0023883 number survived 0 total number 0        0       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00730008 number survived 0 total number 0       1       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000428858 number survived 0 total number 0      2       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0135067 number survived 0 total number 0        3       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00021232 number survived 0 total number 0       4       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00650961 number survived 0 total number 0       5       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0030635 number survived 0 total number 0        6       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00012452 number survived 0 total number 0       7       30      57      60      74      78      90
+survival probability 2.25307e-05 number survived 0 total number 0      8       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0221552 number survived 0 total number 0        9       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00137294 number survived 0 total number 0       10      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.244695 number survived 3 total number 3 11      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.623925 number survived 5 total number 5 12      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0655517 number survived 0 total number 0        13      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.261487 number survived 3 total number 3 14      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000815637 number survived 0 total number 0      15      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00784883 number survived 0 total number 0       16      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00259554 number survived 0 total number 0       17      30      36      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0042409 number survived 0 total number 0        17      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0420275 number survived 0 total number 0        18      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.021236 number survived 0 total number 0 19      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000518483 number survived 0 total number 0      20      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00149638 number survived 0 total number 0       21      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0060061 number survived 0 total number 0        22      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0020408 number survived 0 total number 0        23      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.983311 number survived 14 total number 14       24      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.984694 number survived 15 total number 15       25      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.880046 number survived 19 total number 19       26      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.853457 number survived 15 total number 15       27      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0017045 number survived 0 total number 0        28      30      45      57      60      74      78      90
+survival probability 0.866573 number survived 12 total number 12       28      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.997372 number survived 21 total number 21       29      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.931506 number survived 14 total number 14       30      31      57      60      74      78      90
+survival probability 0.999067 number survived 11 total number 11       30      32      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000261052 number survived 0 total number 0      30      33      57      60      74      78      90
+survival probability 0.109544 number survived 1 total number 1 30      34      57      60      74      78      90
+survival probability 0.116137 number survived 2 total number 2 30      35      57      60      74      78      90
+survival probability 0.530657 number survived 9 total number 9 30      36      57      60      74      78      90
+survival probability 2.5465e-05 number survived 0 total number 0       30      37      57      60      74      75      78      90
+survival probability 0.0363288 number survived 1 total number 1        30      37      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0232412 number survived 0 total number 0        30      38      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000664182 number survived 0 total number 0      30      39      57      60      74      78      90
+survival probability 0.1244 number survived 1 total number 1   30      40      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000337295 number survived 0 total number 0      30      41      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00145589 number survived 0 total number 0       30      42      57      60      74      78      90
+survival probability 7.89402e-05 number survived 0 total number 0      30      43      57      60      74      78      90
+survival probability 0.122752 number survived 0 total number 0 30      44      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00048106 number survived 0 total number 0       30      45      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000884161 number survived 0 total number 0      30      46      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000143697 number survived 0 total number 0      30      47      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00017216 number survived 0 total number 0       30      48      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000118794 number survived 0 total number 0      30      49      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000278861 number survived 0 total number 0      30      50      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000157246 number survived 0 total number 0      30      51      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000712298 number survived 0 total number 0      30      52      57      60      74      78      90
+survival probability 6.52323e-05 number survived 0 total number 0      30      53      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000693219 number survived 0 total number 0      30      54      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000503376 number survived 0 total number 0      30      55      57      60      74      78      90
+survival probability 0.114173 number survived 1 total number 1 30      56      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00980437 number survived 0 total number 0       30      57      58      60      74      78      90
+survival probability 0.349811 number survived 7 total number 7 30      57      59      60      74      78      90
+survival probability 0.123723 number survived 0 total number 0 30      57      60      61      74      78      90
+survival probability 0.27857 number survived 5 total number 5  30      57      60      62      74      78      90
+survival probability 0.18371 number survived 2 total number 2  30      57      60      63      74      78      90
+survival probability 0.0136357 number survived 0 total number 0        30      57      60      64      74      78      90
+survival probability 0.00914841 number survived 0 total number 0       30      57      60      65      74      78      90
+survival probability 0.358586 number survived 3 total number 3 30      57      60      66      74      78      90
+survival probability 0.000152901 number survived 0 total number 0      30      57      60      67      74      78      90
+survival probability 0.0878295 number survived 1 total number 1        30      57      60      68      74      78      90
+survival probability 0.17869 number survived 0 total number 0  30      57      60      69      74      78      90
+survival probability 0.20012 number survived 3 total number 3  30      57      60      70      74      78      90
+survival probability 0.113292 number survived 1 total number 1 30      57      60      71      74      78      90
+survival probability 0.000780272 number survived 0 total number 0      30      57      60      72      74      78      90
+survival probability 0.015318 number survived 0 total number 0 30      57      60      73      74      78      90
+survival probability 0.000333188 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      75      78      90
+survival probability 0.372673 number survived 2 total number 2 30      57      60      74      76      78      90
+survival probability 0.000213394 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      77      78      90
+survival probability 0.999926 number survived 15 total number 15       30      57      60      74      78
+survival probability 2.11306e-05 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      79      90
+survival probability 4.68879e-06 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      80      90
+survival probability 0.00328841 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      81      90
+survival probability 0.00988264 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      82      90
+survival probability 0.00478267 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      83      90
+survival probability 0.00759289 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      84      90
+survival probability 0.00354352 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      85      90
+survival probability 0.0140022 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      86      90
+survival probability 0.0172691 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      87      90
+survival probability 0.00297199 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      88      90
+survival probability 0.00904402 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      89      90
+survival probability 0.498182 number survived 49049 total number 49049 30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.433317 number survived 4 total number 4 30      57      60      74      78      90      91
+survival probability 0.244044 number survived 0 total number 0 30      57      60      74      78      90      92
+survival probability 0.00155752 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      93
+survival probability 0.000720976 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      90      94
+survival probability 0.00586404 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      95
+survival probability 0.00319202 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      96
+survival probability 0.0128553 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      97
+survival probability 0.0601918 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      98
+survival probability 0.997616 number survived 17 total number 17       30      57      60      74      90
+survival probability 0.999833 number survived 15 total number 15       30      57      60      78      90
+survival probability 0.996573 number survived 20 total number 20       30      57      74      78      90
+survival probability 0.998666 number survived 11 total number 11       30      60      74      78      90
+survival probability 1 number survived 17 total number 17      57      60      74      78      90
+checkpoint, total_deaths = 50681
+The total population size is 49319
+survival probability 0.977074 number survived 1 total number 1 0       30      57      60      74      78
+survival probability 0.00234454 number survived 0 total number 0       0       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00716697 number survived 0 total number 0       1       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000420985 number survived 0 total number 0      2       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0132619 number survived 0 total number 0        3       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000208422 number survived 0 total number 0      4       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00639082 number survived 0 total number 0       5       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00300741 number survived 0 total number 0       6       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000122233 number survived 0 total number 0      7       30      57      60      74      78      90
+survival probability 2.21169e-05 number survived 0 total number 0      8       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0217572 number survived 0 total number 0        9       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00134776 number survived 0 total number 0       10      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.241285 number survived 4 total number 4 11      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.619566 number survived 12 total number 12       12      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0644254 number survived 0 total number 0        13      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.257923 number survived 1 total number 1 14      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000800669 number survived 0 total number 0      15      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00770579 number survived 0 total number 0       16      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00416333 number survived 0 total number 0       17      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0412875 number survived 0 total number 0        18      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0208541 number survived 0 total number 0        19      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000508965 number survived 0 total number 0      20      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00146894 number survived 0 total number 0       21      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00589644 number survived 0 total number 0       22      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00200339 number survived 0 total number 0       23      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.983004 number survived 35 total number 35       24      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.984412 number survived 34 total number 34       25      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.878075 number survived 32 total number 32       26      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.851123 number survived 35 total number 35       27      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00413768 number survived 0 total number 0       27      30      57      60      74      78      90      94
+survival probability 0.864415 number survived 26 total number 26       28      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.997323 number survived 55 total number 55       29      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.037871 number survived 0 total number 0 30      31      57      60      74      78      88      90
+survival probability 0.930314 number survived 40 total number 40       30      31      57      60      74      78      90
+survival probability 0.999049 number survived 31 total number 31       30      32      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000256259 number survived 0 total number 0      30      33      57      60      74      78      90
+survival probability 0.107749 number survived 1 total number 1 30      34      57      60      74      78      90
+survival probability 0.114247 number survived 0 total number 0 30      35      57      60      74      78      90
+survival probability 0.526038 number survived 11 total number 11       30      36      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0356854 number survived 0 total number 0        30      37      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0228241 number survived 0 total number 0        30      38      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000651992 number survived 0 total number 0      30      39      57      60      74      78      90
+survival probability 0.122395 number survived 0 total number 0 30      40      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000331102 number survived 0 total number 0      30      41      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00142919 number survived 0 total number 0       30      42      57      60      74      78      90
+survival probability 7.74906e-05 number survived 0 total number 0      30      43      57      60      74      78      90
+survival probability 0.12077 number survived 1 total number 1  30      44      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000472229 number survived 0 total number 0      30      45      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000867937 number survived 0 total number 0      30      46      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000141059 number survived 0 total number 0      30      47      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000168998 number survived 0 total number 0      30      48      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000116613 number survived 0 total number 0      30      49      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000273741 number survived 0 total number 0      30      50      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000154358 number survived 0 total number 0      30      51      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000699226 number survived 0 total number 0      30      52      57      60      74      78      90
+survival probability 6.40343e-05 number survived 0 total number 0      30      53      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000680496 number survived 0 total number 0      30      54      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000494136 number survived 0 total number 0      30      55      57      60      74      78      90
+survival probability 0.112311 number survived 0 total number 0 30      56      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00962604 number survived 0 total number 0       30      57      58      60      74      78      90
+survival probability 0.345607 number survived 6 total number 6 30      57      59      60      74      78      90
+survival probability 0.121728 number survived 1 total number 1 30      57      60      61      74      78      90
+survival probability 0.27486 number survived 2 total number 2  30      57      60      62      74      78      90
+survival probability 0.180947 number survived 3 total number 3 30      57      60      63      74      78      90
+survival probability 0.0133886 number survived 0 total number 0        30      57      60      64      74      78      90
+survival probability 0.0089819 number survived 0 total number 0        30      57      60      65      74      78      90
+survival probability 0.354334 number survived 1 total number 1 30      57      60      66      74      78      90
+survival probability 0.000150093 number survived 0 total number 0      30      57      60      67      74      78      90
+survival probability 0.0863557 number survived 0 total number 0        30      57      60      68      74      78      90
+survival probability 0.175985 number survived 1 total number 1 30      57      60      69      74      78      90
+survival probability 0.197169 number survived 1 total number 1 30      57      60      70      74      78      90
+survival probability 0.111443 number survived 2 total number 2 30      57      60      71      74      78      90
+survival probability 0.000765953 number survived 0 total number 0      30      57      60      72      74      78      90
+survival probability 0.0150409 number survived 0 total number 0        30      57      60      73      74      78      90
+survival probability 0.00032707 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      75      78      90
+survival probability 0.36835 number survived 5 total number 5  30      57      60      74      76      78      90
+survival probability 0.000209476 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      77      78      90
+survival probability 0.999924 number survived 43 total number 43       30      57      60      74      78
+survival probability 2.07425e-05 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      79      90
+survival probability 4.60268e-06 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      80      90
+survival probability 0.00322821 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      81      90
+survival probability 0.0097029 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      82      90
+survival probability 0.00469525 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      83      90
+survival probability 0.00745449 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      84      90
+survival probability 0.00347867 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      85      90
+survival probability 0.0137486 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      86      90
+survival probability 0.0169573 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      87      90
+survival probability 0.00291757 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      88      90
+survival probability 0.0088794 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      89      90
+survival probability 0.493548 number survived 48790 total number 48790 30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.428771 number survived 8 total number 8 30      57      60      74      78      90      91
+survival probability 0.24064 number survived 3 total number 3  30      57      60      74      78      90      92
+survival probability 0.00152896 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      93
+survival probability 0.000707744 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      90      94
+survival probability 0.00575696 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      95
+survival probability 0.00313358 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      96
+survival probability 0.0126222 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      97
+survival probability 0.0591517 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      98
+survival probability 0.997572 number survived 32 total number 32       30      57      60      74      90
+survival probability 0.999829 number survived 33 total number 33       30      57      60      78      90
+survival probability 0.996509 number survived 53 total number 53       30      57      74      78      90
+survival probability 0.998641 number survived 21 total number 21       30      60      74      78      90
+survival probability 1 number survived 39 total number 39      57      60      74      78      90
+checkpoint, total_deaths = 50637
+The total population size is 49363
+survival probability 0.00240687 number survived 0 total number 0       0       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00735655 number survived 0 total number 0       1       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000432199 number survived 0 total number 0      2       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0136105 number survived 1 total number 1        3       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000213975 number survived 0 total number 0      4       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00656 number survived 0 total number 0  5       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0030873 number survived 0 total number 0        6       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00012549 number survived 0 total number 0       7       30      57      60      74      78      90
+survival probability 2.27063e-05 number survived 0 total number 0      8       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.022324 number survived 0 total number 0 9       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00138362 number survived 0 total number 0       10      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.246133 number survived 1 total number 1 11      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.625745 number survived 4 total number 4 12      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0660288 number survived 0 total number 0        13      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.262988 number survived 1 total number 1 14      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000821988 number survived 0 total number 0      15      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00790951 number survived 0 total number 0       16      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0042738 number survived 0 total number 0        17      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0423412 number survived 1 total number 1        18      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.021398 number survived 0 total number 0 19      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000522521 number survived 0 total number 0      20      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00150802 number survived 0 total number 0       21      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00605262 number survived 0 total number 0       22      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00205667 number survived 0 total number 0       23      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.983438 number survived 11 total number 11       24      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.98481 number survived 4 total number 4  25      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.880863 number survived 2 total number 2 26      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.854425 number survived 5 total number 5 27      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.867468 number survived 4 total number 4 28      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.997392 number survived 3 total number 3 29      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.932 number survived 9 total number 9    30      31      57      60      74      78      90
+survival probability 0.999074 number survived 7 total number 7 30      32      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000263086 number survived 0 total number 0      30      33      57      60      74      78      90
+survival probability 0.110304 number survived 1 total number 1 30      34      57      60      74      78      90
+survival probability 0.116936 number survived 1 total number 1 30      35      57      60      74      78      90
+survival probability 0.53259 number survived 6 total number 6  30      36      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0366016 number survived 0 total number 0        30      37      57      60      74      78      90
+survival probability 0.023418 number survived 0 total number 0 30      38      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000669355 number survived 0 total number 0      30      39      57      60      74      78      90
+survival probability 0.125248 number survived 0 total number 0 30      40      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000339923 number survived 0 total number 0      30      41      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00146722 number survived 0 total number 0       30      42      57      60      74      78      90
+survival probability 7.95554e-05 number survived 0 total number 0      30      43      57      60      74      78      90
+survival probability 0.12359 number survived 0 total number 0  30      44      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000484807 number survived 0 total number 0      30      45      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000891045 number survived 0 total number 0      30      46      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000144817 number survived 0 total number 0      30      47      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000173501 number survived 0 total number 0      30      48      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00011972 number survived 0 total number 0       30      49      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000281034 number survived 0 total number 0      30      50      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000158471 number survived 0 total number 0      30      51      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000717845 number survived 0 total number 0      30      52      57      60      74      78      90
+survival probability 6.57406e-05 number survived 0 total number 0      30      53      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000698618 number survived 0 total number 0      30      54      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000507297 number survived 0 total number 0      30      55      57      60      74      78      90
+survival probability 0.11496 number survived 0 total number 0  30      56      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00988002 number survived 0 total number 0       30      57      58      60      74      78      90
+survival probability 0.351578 number survived 2 total number 2 30      57      59      60      74      78      90
+survival probability 0.124568 number survived 1 total number 1 30      57      60      61      74      78      90
+survival probability 0.280133 number survived 5 total number 5 30      57      60      62      74      78      90
+survival probability 0.184877 number survived 1 total number 1 30      57      60      63      74      78      90
+survival probability 0.0137405 number survived 0 total number 0        30      57      60      64      74      78      90
+survival probability 0.00921905 number survived 1 total number 1       30      57      60      65      74      78      90
+survival probability 0.360374 number survived 0 total number 0 30      57      60      66      74      78      90
+survival probability 0.000154093 number survived 0 total number 0      30      57      60      67      74      78      90
+survival probability 0.0884534 number survived 0 total number 0        30      57      60      68      74      78      90
+survival probability 0.179832 number survived 2 total number 2 30      57      60      69      74      78      90
+survival probability 0.201365 number survived 0 total number 0 30      57      60      70      74      78      90
+survival probability 0.114074 number survived 0 total number 0 30      57      60      71      74      78      90
+survival probability 0.000786348 number survived 0 total number 0      30      57      60      72      74      78      90
+survival probability 0.0154355 number survived 0 total number 0        30      57      60      73      74      78      90
+survival probability 0.000335783 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      75      78      90
+survival probability 0.37449 number survived 2 total number 2  30      57      60      74      76      78      90
+survival probability 0.000215056 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      77      78      90
+survival probability 0.999926 number survived 9 total number 9 30      57      60      74      78
+survival probability 2.12952e-05 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      79      90
+survival probability 4.72533e-06 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      80      90
+survival probability 0.00331395 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      81      90
+survival probability 0.00995889 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      82      90
+survival probability 0.00481977 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      83      90
+survival probability 0.00765161 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      84      90
+survival probability 0.00357103 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      85      90
+survival probability 0.0141098 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      86      90
+survival probability 0.0174014 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      87      90
+survival probability 0.00299509 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      88      90
+survival probability 0.00911386 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      89      90
+survival probability 0.500122 number survived 49725 total number 49725 30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.435224 number survived 5 total number 5 30      57      60      74      78      90      91
+survival probability 0.245479 number survived 1 total number 1 30      57      60      74      78      90      92
+survival probability 0.00156964 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      93
+survival probability 0.00072659 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      94
+survival probability 0.00590947 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      95
+survival probability 0.00321682 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      96
+survival probability 0.0129542 number survived 1 total number 1        30      57      60      74      78      90      97
+survival probability 0.0606324 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      98
+survival probability 0.997635 number survived 8 total number 8 30      57      60      74      90
+survival probability 0.999834 number survived 7 total number 7 30      57      60      78      90
+survival probability 0.996599 number survived 5 total number 5 30      57      74      78      90
+survival probability 0.998676 number survived 7 total number 7 30      60      74      78      90
+survival probability 1 number survived 5 total number 5        57      60      74      78      90
+checkpoint, total_deaths = 50152
+The total population size is 49848
+survival probability 0.0023838 number survived 0 total number 0        0       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0072864 number survived 0 total number 0        1       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000428049 number survived 0 total number 0      2       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0134816 number survived 0 total number 0        3       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00021192 number survived 0 total number 0       4       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00949079 number survived 0 total number 0       5       30      36      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0064974 number survived 0 total number 0        5       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00305774 number survived 0 total number 0       6       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000124285 number survived 0 total number 0      7       30      57      60      74      78      90
+survival probability 2.24882e-05 number survived 0 total number 0      8       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0221143 number survived 0 total number 0        9       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00137035 number survived 0 total number 0       10      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.244346 number survived 0 total number 0 11      30      57      60      74      78      90
+survival probability 9.41871e-05 number survived 0 total number 0      12      30      41      57      60      74      78      90
+survival probability 0.623481 number survived 5 total number 5 12      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0654361 number survived 0 total number 0        13      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.261122 number survived 1 total number 1 14      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000814099 number survived 0 total number 0      15      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00783413 number survived 0 total number 0       16      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00423292 number survived 0 total number 0       17      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0419515 number survived 1 total number 1        18      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0211968 number survived 0 total number 0        19      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000517505 number survived 0 total number 0      20      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00149356 number survived 0 total number 0       21      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00599483 number survived 0 total number 0       22      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00203695 number survived 0 total number 0       23      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.98328 number survived 29 total number 29        24      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.984665 number survived 12 total number 12       25      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.879846 number survived 8 total number 8 26      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.85322 number survived 14 total number 14        27      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.866354 number survived 11 total number 11       28      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.997367 number survived 9 total number 9 29      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.931385 number survived 16 total number 16       30      31      57      60      74      78      90
+survival probability 0.999065 number survived 24 total number 24       30      32      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000260559 number survived 0 total number 0      30      33      57      60      74      78      90
+survival probability 0.10936 number survived 0 total number 0  30      34      57      60      74      78      90
+survival probability 0.115943 number survived 4 total number 4 30      35      57      60      74      78      90
+survival probability 0.530186 number survived 10 total number 10       30      36      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0362627 number survived 0 total number 0        30      37      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0231983 number survived 0 total number 0        30      38      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000662929 number survived 0 total number 0      30      39      57      60      74      78      90
+survival probability 0.124194 number survived 1 total number 1 30      40      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000336658 number survived 0 total number 0      30      41      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00145315 number survived 1 total number 1       30      42      57      60      74      78      90
+survival probability 7.87913e-05 number survived 0 total number 0      30      43      57      60      74      78      90
+survival probability 0.122549 number survived 0 total number 0 30      44      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000480152 number survived 0 total number 0      30      45      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000882493 number survived 0 total number 0      30      46      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000143426 number survived 0 total number 0      30      47      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000171835 number survived 0 total number 0      30      48      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00011857 number survived 0 total number 0       30      49      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000278335 number survived 0 total number 0      30      50      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000156949 number survived 0 total number 0      30      51      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000710955 number survived 0 total number 0      30      52      57      60      74      78      90
+survival probability 6.51092e-05 number survived 0 total number 0      30      53      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000691912 number survived 0 total number 0      30      54      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000502427 number survived 0 total number 0      30      55      57      60      74      78      90
+survival probability 0.113982 number survived 0 total number 0 30      56      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00978605 number survived 0 total number 0       30      57      58      60      74      78      90
+survival probability 0.349381 number survived 4 total number 4 30      57      59      60      74      78      90
+survival probability 0.123519 number survived 0 total number 0 30      57      60      61      74      78      90
+survival probability 0.278191 number survived 7 total number 7 30      57      60      62      74      78      90
+survival probability 0.183427 number survived 1 total number 1 30      57      60      63      74      78      90
+survival probability 0.0136103 number survived 0 total number 0        30      57      60      64      74      78      90
+survival probability 0.0091313 number survived 0 total number 0        30      57      60      65      74      78      90
+survival probability 0.358152 number survived 2 total number 2 30      57      60      66      74      78      90
+survival probability 0.000152613 number survived 0 total number 0      30      57      60      67      74      78      90
+survival probability 0.0876783 number survived 2 total number 2        30      57      60      68      74      78      90
+survival probability 0.178412 number survived 1 total number 1 30      57      60      69      74      78      90
+survival probability 0.199817 number survived 1 total number 1 30      57      60      70      74      78      90
+survival probability 0.113102 number survived 0 total number 0 30      57      60      71      74      78      90
+survival probability 0.000778801 number survived 0 total number 0      30      57      60      72      74      78      90
+survival probability 0.0152895 number survived 0 total number 0        30      57      60      73      74      78      90
+survival probability 0.000332559 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      75      78      90
+survival probability 0.372232 number survived 4 total number 4 30      57      60      74      76      78      90
+survival probability 0.000212991 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      77      78      90
+survival probability 0.999926 number survived 24 total number 24       30      57      60      74      78
+survival probability 2.10907e-05 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      79      90
+survival probability 4.67994e-06 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      80      90
+survival probability 0.00328222 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      81      90
+survival probability 0.00986417 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      82      90
+survival probability 0.00477369 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      83      90
+survival probability 0.00757867 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      84      90
+survival probability 0.00353685 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      85      90
+survival probability 0.0139762 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      86      90
+survival probability 0.0172371 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      87      90
+survival probability 0.0029664 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      88      90
+survival probability 0.00902711 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      89      90
+survival probability 0.497709 number survived 49531 total number 49531 30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.432853 number survived 7 total number 7 30      57      60      74      78      90      91
+survival probability 0.243695 number survived 1 total number 1 30      57      60      74      78      90      92
+survival probability 0.00155459 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      93
+survival probability 0.000719616 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      90      94
+survival probability 0.00585304 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      95
+survival probability 0.00318602 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      96
+survival probability 0.0128314 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      97
+survival probability 0.060085 number survived 2 total number 2 30      57      60      74      78      90      98
+survival probability 0.997612 number survived 17 total number 17       30      57      60      74      90
+survival probability 0.999832 number survived 17 total number 17       30      57      60      78      90
+survival probability 0.996567 number survived 20 total number 20       30      57      74      78      90
+survival probability 0.998663 number survived 21 total number 21       30      60      74      78      90
+survival probability 1 number survived 16 total number 16      57      60      74      78      90
+checkpoint, total_deaths = 50176
+The total population size is 49824
+survival probability 0.00233974 number survived 0 total number 0       0       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00715237 number survived 0 total number 0       1       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000420122 number survived 0 total number 0      2       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0198664 number survived 0 total number 0        3       12      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0132351 number survived 0 total number 0        3       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000207994 number survived 0 total number 0      4       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00637779 number survived 0 total number 0       5       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00300126 number survived 0 total number 0       6       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000121983 number survived 0 total number 0      7       30      57      60      74      78      90
+survival probability 2.20715e-05 number survived 0 total number 0      8       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0217135 number survived 0 total number 0        9       30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.001345 number survived 0 total number 0 10      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.24091 number survived 1 total number 1  11      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.619081 number survived 8 total number 8 12      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0643017 number survived 1 total number 1        13      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.25753 number survived 3 total number 3  14      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000799028 number survived 0 total number 0      15      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00769011 number survived 0 total number 0       16      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00415483 number survived 0 total number 0       17      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0412063 number survived 1 total number 1        18      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0208123 number survived 0 total number 0        19      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000212186 number survived 0 total number 0      20      30      57      60      62      74      78      90
+survival probability 0.000507922 number survived 0 total number 0      20      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00146593 number survived 0 total number 0       21      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00588442 number survived 1 total number 1       22      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00199929 number survived 0 total number 0       23      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.98297 number survived 66 total number 66        24      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.116433 number survived 0 total number 0 25      30      57      60      74      78      81      90
+survival probability 0.98438 number survived 31 total number 31        25      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.877855 number survived 16 total number 16       26      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.850863 number survived 20 total number 20       27      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.864174 number survived 24 total number 24       28      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.997317 number survived 22 total number 22       29      30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.930181 number survived 27 total number 27       30      31      57      60      74      78      90
+survival probability 0.999047 number survived 43 total number 43       30      32      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000255733 number survived 0 total number 0      30      33      57      60      74      78      90
+survival probability 0.107552 number survived 1 total number 1 30      34      57      60      74      78      90
+survival probability 0.11404 number survived 2 total number 2  30      35      57      60      74      78      90
+survival probability 0.525526 number survived 11 total number 11       30      36      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0356148 number survived 0 total number 0        30      37      57      60      74      78      90
+survival probability 0.0227783 number survived 2 total number 2        30      38      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000650656 number survived 0 total number 0      30      39      57      60      74      78      90
+survival probability 0.122174 number survived 0 total number 0 30      40      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000330423 number survived 0 total number 0      30      41      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00142626 number survived 0 total number 0       30      42      57      60      74      78      90
+survival probability 7.73316e-05 number survived 0 total number 0      30      43      57      60      74      78      90
+survival probability 0.120552 number survived 0 total number 0 30      44      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000471261 number survived 0 total number 0      30      45      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000866158 number survived 0 total number 0      30      46      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000140769 number survived 0 total number 0      30      47      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000168652 number survived 0 total number 0      30      48      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000116374 number survived 0 total number 0      30      49      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00027318 number survived 0 total number 0       30      50      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000154042 number survived 0 total number 0      30      51      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000697793 number survived 0 total number 0      30      52      57      60      74      78      90
+survival probability 6.3903e-05 number survived 0 total number 0       30      53      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000679102 number survived 0 total number 0      30      54      57      60      74      78      90
+survival probability 0.000493123 number survived 0 total number 0      30      55      57      60      74      78      90
+survival probability 0.112107 number survived 2 total number 2 30      56      57      60      74      78      90
+survival probability 0.00960649 number survived 0 total number 0       30      57      58      60      74      78      90
+survival probability 0.345142 number survived 5 total number 5 30      57      59      60      74      78      90
+survival probability 0.121508 number survived 1 total number 1 30      57      60      61      74      78      90
+survival probability 0.274451 number survived 8 total number 8 30      57      60      62      74      78      90
+survival probability 0.180643 number survived 2 total number 2 30      57      60      63      74      78      90
+survival probability 0.0133615 number survived 0 total number 0        30      57      60      64      74      78      90
+survival probability 0.00896365 number survived 0 total number 0       30      57      60      65      74      78      90
+survival probability 0.353864 number survived 4 total number 4 30      57      60      66      74      78      90
+survival probability 0.000149786 number survived 0 total number 0      30      57      60      67      74      78      90
+survival probability 0.0861939 number survived 0 total number 0        30      57      60      68      74      78      90
+survival probability 0.175688 number survived 0 total number 0 30      57      60      69      74      78      90
+survival probability 0.196844 number survived 4 total number 4 30      57      60      70      74      78      90
+survival probability 0.11124 number survived 0 total number 0  30      57      60      71      74      78      90
+survival probability 0.000764383 number survived 0 total number 0      30      57      60      72      74      78      90
+survival probability 0.0150105 number survived 1 total number 1        30      57      60      73      74      78      90
+survival probability 0.0003264 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      75      78      90
+survival probability 0.367872 number survived 2 total number 2 30      57      60      74      76      78      90
+survival probability 0.000209046 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      77      78      90
+survival probability 0.999924 number survived 56 total number 56       30      57      60      74      78
+survival probability 2.07e-05 number survived 0 total number 0 30      57      60      74      78      79      90
+survival probability 4.59324e-06 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      80      90
+survival probability 0.00322161 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      81      90
+survival probability 0.00968319 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      82      90
+survival probability 0.00468566 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      83      90
+survival probability 0.00743931 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      84      90
+survival probability 0.00347156 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      85      90
+survival probability 0.0137208 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      86      90
+survival probability 0.0169232 number survived 1 total number 1        30      57      60      74      78      87      90
+survival probability 0.0029116 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      88      90
+survival probability 0.00886135 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      89      90
+survival probability 0.493035 number survived 48586 total number 48586 30      57      60      74      78      90
+survival probability 0.428268 number survived 11 total number 11       30      57      60      74      78      90      91
+survival probability 0.240265 number survived 0 total number 0 30      57      60      74      78      90      92
+survival probability 0.00152583 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      93
+survival probability 0.000706293 number survived 0 total number 0      30      57      60      74      78      90      94
+survival probability 0.00574522 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      95
+survival probability 0.00312718 number survived 0 total number 0       30      57      60      74      78      90      96
+survival probability 0.0125967 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      97
+survival probability 0.0590376 number survived 0 total number 0        30      57      60      74      78      90      98
+survival probability 0.997567 number survived 40 total number 40       30      57      60      74      90
+survival probability 0.999829 number survived 41 total number 41       30      57      60      78      90
+survival probability 0.996502 number survived 45 total number 45       30      57      74      78      90
+survival probability 0.998638 number survived 54 total number 54       30      60      74      78      90
+survival probability 1 number survived 36 total number 36      57      60      74      78      90
+checkpoint, total_deaths = 50821
+The total population size is 49179
diff --git a/test/verbose.test.expected-sum b/test/verbose.test.expected-sum
new file mode 100644 (file)
index 0000000..1fc5d79
--- /dev/null
+++ b/test/verbose.test.expected-sum
@@ -0,0 +1,2 @@
+3      103     29      30      57      60      74      78      90
+3      129     24      30      57      60      74      78      90
diff --git a/wf.cpp b/wf.cpp
index bc23b18..7570931 100644 (file)
--- a/wf.cpp
+++ b/wf.cpp
@@ -53,6 +53,7 @@ void run(RunParameters &r, unsigned seed) {
     if (r.useTwoSite && supout == NULL) { perror("File error"); exit(1); }
     
     if (r.importState) importState(r);      // <infile>.st
+    fflush(stdout);
     
 
     if(r.useTwoSite) {
@@ -176,18 +177,23 @@ void importState(RunParameters &r) {
     // Import initial state of the population
     
        while (fscanf(input,"%le",&frac)==1) {
+
+        std::cout << frac; // XXX
         
         r.initFrac.push_back(frac);
         
         std::set<unsigned int> tempSet;
         
                while (fscanf(input,"%c",&o)==1) {
+
+            std::cout << o; // XXX
                        
                        if (o=='\n' || o==';') break;
                        
                        else {
                                
                                fscanf(input,"%u",&site);
+                std::cout << site; // XXX
                 tempSet.insert(site);
                 
             }
@@ -199,23 +205,31 @@ void importState(RunParameters &r) {
         if (o==';') break;
         
        }
+
+    std::cout << "\n";  // XXX
     
     // Import targeted epitope
     
     while (fscanf(input,"%u",&site)==1) {
+
+        std::cout << site; // XXX
     
         r.eWT.push_back(site);
         
         fscanf(input,"%c",&o);
+        std::cout << o; // XXX
         if (o=='\n') break;
         
     }
     
     while (fscanf(input,"%u",&site)==1) {
+
+        std::cout << site; // XXX
     
         r.eMut.push_back(site);
         
         fscanf(input,"%c",&o);
+        std::cout << o; // XXX
         if (o=='\n') break;
         
     }
VirEvoDyn simulates viral evolutionary dynamics with a full fitness landscape.