SRCS_MC = mc.cpp hamiltonian.cpp population.cpp virus.cpp
EXECNAME_MC = mc
-SRCS_SS = ss.cpp ham_ss.cpp pop_ss.cpp reaction.cpp
+SRCS_SS = ss.cpp ham_ss.cpp pop_ss.cpp reaction.cpp seqTools.cpp
EXECNAME_SS = ss
CXX = c++
-CFLAGS = $(DBGFLAG) -Wall -Wextra -pedantic -Wno-unused-parameter
+CFLAGS = -std=c++0x $(DBGFLAG) -Wall -Wextra -pedantic -Wno-unused-parameter
INCLUDEDIR = # -I/usr/local/pkg/gsl/gsl-1.15/include
# = `gsl-config --cflags`
LIBDIR = # -L/usr/local/pkg/gsl/gsl-1.15/lib
#include <vector>
#include "ham_ss.h"
+#include "seqTools.h"
//Constructor for loading couplings from John Barton's Ising Inversion code
#include <cmath>
#include "pop_ss.h"
+#include "seqTools.h"
//Constuct a virus object of wildtype
#include "seqTools.h"
+const codon2aa_map codon2aa = {
+ {cod_TTT, aa_F}, {cod_TTC, aa_F}, {cod_TTA, aa_L}, {cod_TTG, aa_L},
+ {cod_TCT, aa_S}, {cod_TCC, aa_S}, {cod_TCA, aa_S}, {cod_TCG, aa_S},
+ {cod_TAT, aa_Y}, {cod_TAC, aa_Y}, {cod_TAA, aa_star}, {cod_TAG, aa_star},
+ {cod_TGT, aa_C}, {cod_TGC, aa_C}, {cod_TGA, aa_star}, {cod_TGG, aa_W},
+ {cod_CTT, aa_L}, {cod_CTC, aa_L}, {cod_CTA, aa_L}, {cod_CTG, aa_L},
+ {cod_CCT, aa_P}, {cod_CCC, aa_P}, {cod_CCA, aa_P}, {cod_CCG, aa_P},
+ {cod_CAT, aa_H}, {cod_CAC, aa_H}, {cod_CAA, aa_Q}, {cod_CAG, aa_Q},
+ {cod_CGT, aa_R}, {cod_CGC, aa_R}, {cod_CGA, aa_R}, {cod_CGG, aa_R},
+ {cod_ATT, aa_I}, {cod_ATC, aa_I}, {cod_ATA, aa_I}, {cod_ATG, aa_M},
+ {cod_ACT, aa_T}, {cod_ACC, aa_T}, {cod_ACA, aa_T}, {cod_ACG, aa_T},
+ {cod_AAT, aa_N}, {cod_AAC, aa_N}, {cod_AAA, aa_K}, {cod_AAG, aa_K},
+ {cod_AGT, aa_S}, {cod_AGC, aa_S}, {cod_AGA, aa_R}, {cod_AGG, aa_R},
+ {cod_GTT, aa_V}, {cod_GTC, aa_V}, {cod_GTA, aa_V}, {cod_GTG, aa_V},
+ {cod_GCT, aa_A}, {cod_GCC, aa_A}, {cod_GCA, aa_A}, {cod_GCG, aa_A},
+ {cod_GAT, aa_D}, {cod_GAC, aa_D}, {cod_GAA, aa_E}, {cod_GAG, aa_E},
+ {cod_GGT, aa_G}, {cod_GGC, aa_G}, {cod_GGA, aa_G}, {cod_GGG, aa_G},
+};
+
+const str2int_map aa2int = {
+ {'A', 1}, {'R', 2}, {'N', 3}, {'D', 4}, {'C', 5},
+ {'Q', 6}, {'E', 7}, {'G', 8}, {'H', 9}, {'I', 10},
+ {'L', 11}, {'K', 12}, {'M', 13}, {'F', 14}, {'P', 15},
+ {'S', 16}, {'T', 17}, {'W', 18}, {'Y', 19}, {'V', 20},
+ {'B', 21}, {'Z', 22}, {'X', 23}, {'*', 24}, {'-', 25}, {'?', 0}
+};
+
+const int2str_map int2aa = {
+ { 1, 'A'}, { 2, 'R'}, { 3, 'N'}, { 4, 'D'}, { 5, 'C'},
+ { 6, 'Q'}, { 7, 'E'}, { 8, 'G'}, { 9, 'H'}, {10, 'I'},
+ {11, 'L'}, {12, 'K'}, {13, 'M'}, {14, 'F'}, {15, 'P'},
+ {16, 'S'}, {17, 'T'}, {18, 'W'}, {19, 'Y'}, {20, 'V'},
+ {21, 'B'}, {22, 'Z'}, {23, 'X'}, {24, '*'}, {25, '-'}, {0, '?'}
+};
+
+const aa2str_map aa2str = {
+ {aa_A,'A'}, {aa_R,'R'}, {aa_N,'N'}, {aa_D,'D'}, {aa_C,'C'},
+ {aa_Q,'Q'}, {aa_E,'E'}, {aa_G,'G'}, {aa_H,'H'}, {aa_I,'I'},
+ {aa_L,'L'}, {aa_K,'K'}, {aa_M,'M'}, {aa_F,'F'}, {aa_P,'P'},
+ {aa_S,'S'}, {aa_T,'T'}, {aa_W,'W'}, {aa_Y,'Y'}, {aa_V,'V'},
+ {aa_B,'B'}, {aa_Z,'Z'}, {aa_X,'X'}, {aa_star,'*'}, {aa_gap,'-'}, {aa_unknown,'?'}
+};
+
+const str2aa_map str2aa = {
+ {'A',aa_A}, {'R',aa_R}, {'N',aa_N}, {'D',aa_D}, {'C',aa_C},
+ {'Q',aa_Q}, {'E',aa_E}, {'G',aa_G}, {'H',aa_H}, {'I',aa_I},
+ {'L',aa_L}, {'K',aa_K}, {'M',aa_M}, {'F',aa_F}, {'P',aa_P},
+ {'S',aa_S}, {'T',aa_T}, {'W',aa_W}, {'Y',aa_Y}, {'V',aa_V},
+ {'B',aa_B}, {'Z',aa_Z}, {'X',aa_X}, {'*',aa_star}, {'-',aa_gap}, {'?',aa_unknown}
+};
+
+const codon2str_map codon2str = {
+ {cod_TTT, "TTT"}, {cod_TTC, "TTC"}, {cod_TTA, "TTA"}, {cod_TTG, "TTG"},
+ {cod_TCT, "TCT"}, {cod_TCC, "TCC"}, {cod_TCA, "TCA"}, {cod_TCG, "TCG"},
+ {cod_TAT, "TAT"}, {cod_TAC, "TAC"}, {cod_TAA, "TAA"}, {cod_TAG, "TAG"},
+ {cod_TGT, "TGT"}, {cod_TGC, "TGC"}, {cod_TGA, "TGA"}, {cod_TGG, "TGG"},
+ {cod_CTT, "CTT"}, {cod_CTC, "CTC"}, {cod_CTA, "CTA"}, {cod_CTG, "CTG"},
+ {cod_CCT, "CCT"}, {cod_CCC, "CCC"}, {cod_CCA, "CCA"}, {cod_CCG, "CCG"},
+ {cod_CAT, "CAT"}, {cod_CAC, "CAC"}, {cod_CAA, "CAA"}, {cod_CAG, "CAG"},
+ {cod_CGT, "CGT"}, {cod_CGC, "CGC"}, {cod_CGA, "CGA"}, {cod_CGG, "CGG"},
+ {cod_ATT, "ATT"}, {cod_ATC, "ATC"}, {cod_ATA, "ATA"}, {cod_ATG, "ATG"},
+ {cod_ACT, "ACT"}, {cod_ACC, "ACC"}, {cod_ACA, "ACA"}, {cod_ACG, "ACG"},
+ {cod_AAT, "AAT"}, {cod_AAC, "AAC"}, {cod_AAA, "AAA"}, {cod_AAG, "AAG"},
+ {cod_AGT, "AGT"}, {cod_AGC, "AGC"}, {cod_AGA, "AGA"}, {cod_AGG, "AGG"},
+ {cod_GTT, "GTT"}, {cod_GTC, "GTC"}, {cod_GTA, "GTA"}, {cod_GTG, "GTG"},
+ {cod_GCT, "GCT"}, {cod_GCC, "GCC"}, {cod_GCA, "GCA"}, {cod_GCG, "GCG"},
+ {cod_GAT, "GAT"}, {cod_GAC, "GAC"}, {cod_GAA, "GAA"}, {cod_GAG, "GAG"},
+ {cod_GGT, "GGT"}, {cod_GGC, "GGC"}, {cod_GGA, "GGA"}, {cod_GGG, "GGG"},
+};
+
+const str2codon_map str2codon = {
+ {"TTT", cod_TTT}, {"TTC", cod_TTC}, {"TTA", cod_TTA}, {"TTG", cod_TTG},
+ {"TCT", cod_TCT}, {"TCC", cod_TCC}, {"TCA", cod_TCA}, {"TCG", cod_TCG},
+ {"TAT", cod_TAT}, {"TAC", cod_TAC}, {"TAA", cod_TAA}, {"TAG", cod_TAG},
+ {"TGT", cod_TGT}, {"TGC", cod_TGC}, {"TGA", cod_TGA}, {"TGG", cod_TGG},
+ {"CTT", cod_CTT}, {"CTC", cod_CTC}, {"CTA", cod_CTA}, {"CTG", cod_CTG},
+ {"CCT", cod_CCT}, {"CCC", cod_CCC}, {"CCA", cod_CCA}, {"CCG", cod_CCG},
+ {"CAT", cod_CAT}, {"CAC", cod_CAC}, {"CAA", cod_CAA}, {"CAG", cod_CAG},
+ {"CGT", cod_CGT}, {"CGC", cod_CGC}, {"CGA", cod_CGA}, {"CGG", cod_CGG},
+ {"ATT", cod_ATT}, {"ATC", cod_ATC}, {"ATA", cod_ATA}, {"ATG", cod_ATG},
+ {"ACT", cod_ACT}, {"ACC", cod_ACC}, {"ACA", cod_ACA}, {"ACG", cod_ACG},
+ {"AAT", cod_AAT}, {"AAC", cod_AAC}, {"AAA", cod_AAA}, {"AAG", cod_AAG},
+ {"AGT", cod_AGT}, {"AGC", cod_AGC}, {"AGA", cod_AGA}, {"AGG", cod_AGG},
+ {"GTT", cod_GTT}, {"GTC", cod_GTC}, {"GTA", cod_GTA}, {"GTG", cod_GTG},
+ {"GCT", cod_GCT}, {"GCC", cod_GCC}, {"GCA", cod_GCA}, {"GCG", cod_GCG},
+ {"GAT", cod_GAT}, {"GAC", cod_GAC}, {"GAA", cod_GAA}, {"GAG", cod_GAG},
+ {"GGT", cod_GGT}, {"GGC", cod_GGC}, {"GGA", cod_GGA}, {"GGG", cod_GGG},
+};
+
+
// Load each line of a *-seq2state.dat file into a vector of characters.
}
+#if 0
int main(int argc, char *argv[])
{
FILE *f = fopen(argv[1],"r");
std::cout << '\n';
+ std::string nt_seq("GCTTAT");
+
+ std::vector<codon> codon_seq; codon_seq.reserve(nt_seq.size()/3);
+
+ for (unsigned i=0; i<nt_seq.length(); i+=3) {
+ codon_seq.push_back(str2codon[nt_seq.substr(i,3)]);
+ }
+
+ for(unsigned i=0; i<codon_seq.size(); i++) {
+ std::cout << codon_seq[i] << ' ';
+ }
+ std::cout << '\n';
+
+ std::vector<aa> aa_seq; aa_seq.reserve(nt_seq.size()/3);
+
+ for (unsigned i=0; i<nt_seq.length(); i+=3) {
+ aa_seq.push_back(codon2aa[str2codon[nt_seq.substr(i,3)]]);
+ }
+
+ for(unsigned i=0; i<aa_seq.size(); i++) {
+ std::cout << aa2str[aa_seq[i]] << ' ';
+ }
+ std::cout << '\n';
+
+
/*
std::cout << x2y<int,float>(5) << std::endl;
return 0;
}
+#endif
/*
};
}
-codon2aa_map codon2aa {
- {cod_TTT, aa_F}, {cod_TTC, aa_F}, {cod_TTA, aa_L}, {cod_TTG, aa_L},
- {cod_TCT, aa_S}, {cod_TCC, aa_S}, {cod_TCA, aa_S}, {cod_TCG, aa_S},
- {cod_TAT, aa_Y}, {cod_TAC, aa_Y}, {cod_TAA, aa_star}, {cod_TAG, aa_star},
- {cod_TGT, aa_C}, {cod_TGC, aa_C}, {cod_TGA, aa_star}, {cod_TGG, aa_W},
- {cod_CTT, aa_L}, {cod_CTC, aa_L}, {cod_CTA, aa_L}, {cod_CTG, aa_L},
- {cod_CCT, aa_P}, {cod_CCC, aa_P}, {cod_CCA, aa_P}, {cod_CCG, aa_P},
- {cod_CAT, aa_H}, {cod_CAC, aa_H}, {cod_CAA, aa_Q}, {cod_CAG, aa_Q},
- {cod_CGT, aa_R}, {cod_CGC, aa_R}, {cod_CGA, aa_R}, {cod_CGG, aa_R},
- {cod_ATT, aa_I}, {cod_ATC, aa_I}, {cod_ATA, aa_I}, {cod_ATG, aa_M},
- {cod_ACT, aa_T}, {cod_ACC, aa_T}, {cod_ACA, aa_T}, {cod_ACG, aa_T},
- {cod_AAT, aa_N}, {cod_AAC, aa_N}, {cod_AAA, aa_K}, {cod_AAG, aa_K},
- {cod_AGT, aa_S}, {cod_AGC, aa_S}, {cod_AGA, aa_R}, {cod_AGG, aa_R},
- {cod_GTT, aa_V}, {cod_GTC, aa_V}, {cod_GTA, aa_V}, {cod_GTG, aa_V},
- {cod_GCT, aa_A}, {cod_GCC, aa_A}, {cod_GCA, aa_A}, {cod_GCG, aa_A},
- {cod_GAT, aa_D}, {cod_GAC, aa_D}, {cod_GAA, aa_E}, {cod_GAG, aa_E},
- {cod_GGT, aa_G}, {cod_GGC, aa_G}, {cod_GGA, aa_G}, {cod_GGG, aa_G},
-};
-
-str2int_map aa2int {
- {'A', 1}, {'R', 2}, {'N', 3}, {'D', 4}, {'C', 5},
- {'Q', 6}, {'E', 7}, {'G', 8}, {'H', 9}, {'I', 10},
- {'L', 11}, {'K', 12}, {'M', 13}, {'F', 14}, {'P', 15},
- {'S', 16}, {'T', 17}, {'W', 18}, {'Y', 19}, {'V', 20},
- {'B', 21}, {'Z', 22}, {'X', 23}, {'*', 24}, {'-', 25}, {'?', 0}
-};
-
-int2str_map int2aa = {
- { 1, 'A'}, { 2, 'R'}, { 3, 'N'}, { 4, 'D'}, { 5, 'C'},
- { 6, 'Q'}, { 7, 'E'}, { 8, 'G'}, { 9, 'H'}, {10, 'I'},
- {11, 'L'}, {12, 'K'}, {13, 'M'}, {14, 'F'}, {15, 'P'},
- {16, 'S'}, {17, 'T'}, {18, 'W'}, {19, 'Y'}, {20, 'V'},
- {21, 'B'}, {22, 'Z'}, {23, 'X'}, {24, '*'}, {25, '-'}, {0, '?'}
-};
-
-aa2str_map aa2str = {
- {aa_A,'A'}, {aa_R,'R'}, {aa_N,'N'}, {aa_D,'D'}, {aa_C,'C'},
- {aa_Q,'Q'}, {aa_E,'E'}, {aa_G,'G'}, {aa_H,'H'}, {aa_I,'I'},
- {aa_L,'L'}, {aa_K,'K'}, {aa_M,'M'}, {aa_F,'F'}, {aa_P,'P'},
- {aa_S,'S'}, {aa_T,'T'}, {aa_W,'W'}, {aa_Y,'Y'}, {aa_V,'V'},
- {aa_B,'B'}, {aa_Z,'Z'}, {aa_X,'X'}, {aa_star,'*'}, {aa_gap,'-'}, {aa_unknown,'?'}
-};
-
-str2aa_map str2aa = {
- {'A',aa_A}, {'R',aa_R}, {'N',aa_N}, {'D',aa_D}, {'C',aa_C},
- {'Q',aa_Q}, {'E',aa_E}, {'G',aa_G}, {'H',aa_H}, {'I',aa_I},
- {'L',aa_L}, {'K',aa_K}, {'M',aa_M}, {'F',aa_F}, {'P',aa_P},
- {'S',aa_S}, {'T',aa_T}, {'W',aa_W}, {'Y',aa_Y}, {'V',aa_V},
- {'B',aa_B}, {'Z',aa_Z}, {'X',aa_X}, {'*',aa_star}, {'-',aa_gap}, {'?',aa_unknown}
-};
-
-codon2str_map codon2str = {
- {cod_TTT, "TTT"}, {cod_TTC, "TTC"}, {cod_TTA, "TTA"}, {cod_TTG, "TTG"},
- {cod_TCT, "TCT"}, {cod_TCC, "TCC"}, {cod_TCA, "TCA"}, {cod_TCG, "TCG"},
- {cod_TAT, "TAT"}, {cod_TAC, "TAC"}, {cod_TAA, "TAA"}, {cod_TAG, "TAG"},
- {cod_TGT, "TGT"}, {cod_TGC, "TGC"}, {cod_TGA, "TGA"}, {cod_TGG, "TGG"},
- {cod_CTT, "CTT"}, {cod_CTC, "CTC"}, {cod_CTA, "CTA"}, {cod_CTG, "CTG"},
- {cod_CCT, "CCT"}, {cod_CCC, "CCC"}, {cod_CCA, "CCA"}, {cod_CCG, "CCG"},
- {cod_CAT, "CAT"}, {cod_CAC, "CAC"}, {cod_CAA, "CAA"}, {cod_CAG, "CAG"},
- {cod_CGT, "CGT"}, {cod_CGC, "CGC"}, {cod_CGA, "CGA"}, {cod_CGG, "CGG"},
- {cod_ATT, "ATT"}, {cod_ATC, "ATC"}, {cod_ATA, "ATA"}, {cod_ATG, "ATG"},
- {cod_ACT, "ACT"}, {cod_ACC, "ACC"}, {cod_ACA, "ACA"}, {cod_ACG, "ACG"},
- {cod_AAT, "AAT"}, {cod_AAC, "AAC"}, {cod_AAA, "AAA"}, {cod_AAG, "AAG"},
- {cod_AGT, "AGT"}, {cod_AGC, "AGC"}, {cod_AGA, "AGA"}, {cod_AGG, "AGG"},
- {cod_GTT, "GTT"}, {cod_GTC, "GTC"}, {cod_GTA, "GTA"}, {cod_GTG, "GTG"},
- {cod_GCT, "GCT"}, {cod_GCC, "GCC"}, {cod_GCA, "GCA"}, {cod_GCG, "GCG"},
- {cod_GAT, "GAT"}, {cod_GAC, "GAC"}, {cod_GAA, "GAA"}, {cod_GAG, "GAG"},
- {cod_GGT, "GGT"}, {cod_GGC, "GGC"}, {cod_GGA, "GGA"}, {cod_GGG, "GGG"},
-};
-
-str2codon_map str2codon = {
- {"TTT", cod_TTT}, {"TTC", cod_TTC}, {"TTA", cod_TTA}, {"TTG", cod_TTG},
- {"TCT", cod_TCT}, {"TCC", cod_TCC}, {"TCA", cod_TCA}, {"TCG", cod_TCG},
- {"TAT", cod_TAT}, {"TAC", cod_TAC}, {"TAA", cod_TAA}, {"TAG", cod_TAG},
- {"TGT", cod_TGT}, {"TGC", cod_TGC}, {"TGA", cod_TGA}, {"TGG", cod_TGG},
- {"CTT", cod_CTT}, {"CTC", cod_CTC}, {"CTA", cod_CTA}, {"CTG", cod_CTG},
- {"CCT", cod_CCT}, {"CCC", cod_CCC}, {"CCA", cod_CCA}, {"CCG", cod_CCG},
- {"CAT", cod_CAT}, {"CAC", cod_CAC}, {"CAA", cod_CAA}, {"CAG", cod_CAG},
- {"CGT", cod_CGT}, {"CGC", cod_CGC}, {"CGA", cod_CGA}, {"CGG", cod_CGG},
- {"ATT", cod_ATT}, {"ATC", cod_ATC}, {"ATA", cod_ATA}, {"ATG", cod_ATG},
- {"ACT", cod_ACT}, {"ACC", cod_ACC}, {"ACA", cod_ACA}, {"ACG", cod_ACG},
- {"AAT", cod_AAT}, {"AAC", cod_AAC}, {"AAA", cod_AAA}, {"AAG", cod_AAG},
- {"AGT", cod_AGT}, {"AGC", cod_AGC}, {"AGA", cod_AGA}, {"AGG", cod_AGG},
- {"GTT", cod_GTT}, {"GTC", cod_GTC}, {"GTA", cod_GTA}, {"GTG", cod_GTG},
- {"GCT", cod_GCT}, {"GCC", cod_GCC}, {"GCA", cod_GCA}, {"GCG", cod_GCG},
- {"GAT", cod_GAT}, {"GAC", cod_GAC}, {"GAA", cod_GAA}, {"GAG", cod_GAG},
- {"GGT", cod_GGT}, {"GGC", cod_GGC}, {"GGA", cod_GGA}, {"GGG", cod_GGG},
-};
+// defined in seqTools.cpp
+// NOTE: since hash table is const, must get values via .at() method, not operator[] !
+// At the expense of verbosity, this has the advantage of throwing the following exception if an improper key is passed at runtime:
+// terminate called after throwing an instance of 'std::out_of_range'
+// what(): _Map_base::at
+// Aborted
+extern const codon2aa_map codon2aa;
+extern const str2int_map aa2int;
+extern const int2str_map int2aa;
+extern const aa2str_map aa2str;
+extern const str2aa_map str2aa;
+extern const codon2str_map codon2str;
+extern const str2codon_map str2codon;
/*
template <typename from, typename to>
}
}
*/
-template <typename from, typename to>
-to x2y(from x) {return static_cast<to>(x);}
+//template <typename from, typename to>
+//to x2y(from x) {return static_cast<to>(x);}
void getSeq2State(FILE *input, CharVector &p);
//#include "virus.h"
#include "ss.h"
#include "reaction.h"
+#include "seqTools.h"
gsl_rng *rnd; //pointer to random number generator state
}
std::cout << '\n';
}
+ std::cout << int2aa.at(codon2aa.at(str2codon.at("TTT"))) << '\n';
return 0;
RunParameters_SS r;
projects / VirEvoDyn.git / commitdiff